这篇文章主要介绍在Linux平台下安装开源版PyMol的简单方法。由于官方主要提供商业版的安装方法，而提供whl安装包的平台也只有Windows系统下的编译包。其实在Anaconda的库中是有提供pymol的开源版本的，这里借这篇文章顺便推广一下。
技术背景
PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具，也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营，软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印，商业版要收费，但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容，可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol，但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol，就只能在Github上面下载源码进行编译构建。
但是经过数番尝试，在编译过程中会遇到不少问题，尤其是在手动构建netcdf的时候，总是提示无法构建。在经过多个平台的检索之后，最终发现在Anaconda的库中有一个名为pymol-open-source的包，详情可见参考链接2。这个包就是PyMol的开源版本，但是网上几乎很难找到这个包的相关信息。它不仅仅是开源版，还几乎支持了全平台的使用，本文主要简单介绍一下这个包的安装和简单使用。
安装pymol-open-source
在本地的conda环境下，直接执行如下指令，即可自动完成安装：
$ conda install -c conda-forge pymol-open-source
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. conda-forge::ca-certificates-2023.5.7-hbcca054_0
certifi anaconda/pkgs/main/linux-64::certifi-~ --> conda-forge/noarch::certifi-2023.5.7-pyhd8ed1ab_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done安装完成后，直接在终端命令行窗口输入pymol即可打开PyMol的界面。我们可以点击File->Open来导入相关的分子构象输入文件，比如pdb文件等，如下所示是一个导入pdb文件后的效果图。
总结概要
这篇文章主要介绍在Linux平台下安装开源版PyMol的简单方法。由于官方主要提供商业版的安装方法，而提供whl安装包的平台也只有Windows系统下的编译包。其实在Anaconda的库中是有提供pymol的开源版本的，这里借这篇文章顺便推广一下。
版权声明
作者ID：DechinPhy
腾讯云专栏同步：https://cloud.tencent.com/developer/column/91958
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参考链接
- https://anaconda.org/conda-forge/pymol-open-source
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