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主要专栏内容包括:
†《LAMMPS小技巧》:
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†《LAMMPS小技巧》: 主要介绍采用分子动力学(
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Lammps
Lammps)模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧(难度:
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††《LAMMPS实例教程—In文件详解》:
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††《LAMMPS实例教程—In文件详解》: 主要介绍采用分子动力学(
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Lammps
Lammps)模拟相关物理过程模拟。(包含:热导率计算、定压比热容计算,难度:
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†††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》:
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†††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》: 主要介绍针对分子模拟的动力学过程(轨迹文件)进行后相关的处理分析(需要一定编程能力。难度:
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††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》:
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††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》: 主要介绍针对后处理过程中指定函数,进行包装,方便使用者直接调用(需要一定编程能力,难度:
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†††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》:
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†††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》: 主要介绍针对处理后的数据可视化,并提供对应的绘图模板(需要一定编程能力,难度:
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††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》:
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††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》: 主要采用
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rm Ovito
Ovito软件,对
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rm Lammps
Lammps 生成的轨迹文件进行渲染(难度:
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rm lammps_materials@163.com
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† 开源后处理集成程序:请关注专栏《LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理》
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Ovito渲染技巧之体系边界识别
- 一、渲染需求
- 二、OVITO: Surface Mesh
- 三、OVITO: Surface Mesh 具体操作
- 四、按边界距离渲染
- 五、案例下载
一、渲染需求
在进行模拟过程中,我们通常会需要获得体系表面的信息,例如切削工件的表面变化、液滴冷凝的液滴表面等等。
这不仅对于后处理过程中,需要统计这些表面结构的物体特征,比如,传热过程,固液界面的温度变化。
这里就存在一个重要的问题:如何识别这些原子呢?或者如果渲染呢?
下面我们以液滴在石墨烯表面的润湿过程为例进行分析:
下面我们以液滴在石墨烯表面的润湿过程为例进行分析:
下面我们以液滴在石墨烯表面的润湿过程为例进行分析:
二、OVITO: Surface Mesh
这里需要采用
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rm Ovito
Ovito 的
3.4.4
3.4.4
3.4.4 版本。
在surface mesh 中,可以选择并识别体系的表面原子。具体的识别过程可以参考OVITO的官网。
三、OVITO: Surface Mesh 具体操作
点击
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rm Compute Distance
Compute Distance,会出现一列,原子到边界的距离。
四、按边界距离渲染
五、案例下载
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